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Dans le générique d'ouverture, le film se présente explicitement comme un palimpseste du roman, c'est-à-dire qu'il ne prétend pas à une exacte fidélité  mais qu'il est une œuvre dont il partage le même support. Si le fil rouge de l'histoire reste le même, de nombreux éléments importants du roman ont été écartés et font la place à des scènes plus spectaculaires  qui ne figurent pas dans le roman.(c'est pour cette même raison que l'on va voir un film)

Un clin d'œil est fait à Umberto Eco, lorsque Guillaume de Baskerville dans la bibliothèque s'extasie sur un ouvrage d'« Umberto de Bologne », ville où  Umberto Eco est professeur. Le film est bâti comme l'illusion de l'escalier sans fin de Roger Penrose (ou de Maurits Cornelis Escher), escalier où aura lieu d'ailleurs le combat dans  l'incendie entre le"bon" moine franciscain Guillaume de Baskerville,-par ailleurs ancien inquisiteur-et l'un des "méchants",ex-bibliothécaire de l'abbaye, Jorge de Burgos (autre clin d'œil, d'U. Eco cette fois, à Jorge Luis Borges et à sa nouvelle La Bibliothèque de Babel).

Comme dans Notre-Dame de Paris de Victor Hugo, le monde médiéval est illustré avec le difforme (bossu), la jeune fille érotique, la religiosité, les  paysans primaires et ici les copistes pour un livre païen. Jean-Jacques Annaud sollicita pour le film le producteur allemand Bernd Eichinger qui finança ce coûteux projet. Sean Connery insista lourdement(?)  afin d'obtenir le rôle principal de cette adaptation qui ne se fit pas sans difficultés. Plusieurs scénaristes planchèrent sur un laborieux travail de transposition (le premier étant le scénariste attitré de Annaud : Alain Godard).

Le chef opérateur italien Tonino Delli Colli (qui avait travaillé avec Pier Paolo Pasolini) signa les lumières, et le décorateur italien Dante Ferretti  reconstruisit l'abbaye austère dans les Abruzzes, non loin de Rome.La musique du film est signée James Horner (le futur compositeur de la bande originale de Titanic).