En effet, chaque nouveau-né à Bregna est en fait un clone créé avec de l'ADN recyclé; les morts renaissent donc en conservant des fragments de leur mémoire. Une des expériences de Trevor finit par réussir mais son frère, Oren Goodchild (Jonny Lee Miller) fait cesser ses recherches afin de rester au pouvoir et de vivre éternellement. Cependant, lors d'une confrontation avec Trevor et Æon, Oren laisse entendre que l'humanité elle-même s'est adaptée et que certains individus ont recouvré la capacité d'avoir des bébés.Æon se voit donc forcée d’agir contre les plans des Monicans, qu'elle parvient finalement à convaincre de ne pas écouter leur chef et de s'allier à elle pour tuer Oren et ses hommes.

Dans la scène finale, lorsqu'Æon se prépare à détruire l'entrepôt-dirigeable où l'ADN utilisé pour le clonage est stocké, elle rencontre le vieil homme chargé de surveiller l'ADN. Il s'agit en fait du docteur qui a préservé son ADN lorsqu'Oren avait commandé sa destruction. Le crash du dirigeable détruit le mur entourant la ville et, pour la première fois depuis des siècles, la population peut enfin gagner le monde extérieur.Le film incorpore de nombreux éléments des épisodes de la série télévisée, spécialement de l'épisode A Last Time For Everything, tout comme le roman graphique basé sur la série:Æon Flux: the Herodotus File.