Après une mission pour détruire une station de surveillance, Æon revient chez elle et y retrouve le corps sans vie de sa sœur Una, tuée pour avoir été suspectée d'être une rebelle Monican. Quand Æon est envoyée pour tuer le chef du gouvernement, Trevor Goodchild (Marton Csokas), elle découvre qu'elle joue inconsciemment un rôle dans un Coup d'État secret.

Cette découverte l'amène à s'interroger sur l'origine et le destin de chacun dans Bregna, en particulier sur sa relation personnelle avec l'homme qu’elle est chargée d'assassiner. C'est alors qu'elle apprend qu'elle est un clone de Cathryn, la défunte épouse de Goodchild, mais aussi que celui-ci mène des expériences en secret afin de trouver un remède à la stérilité qui affecte la population depuis l'éradication du virus.