John Malkovich et Andy Garcia dans JENNIFER EIGHT
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Vie personnelle et opinions politiques
John Malkovich a été marié avec Glenne Headly de 1982 à 1988 et, après avoir fréquenté sa partenaire des Liaisons dangereuses, Michelle Pfeiffer, s'est remarié avec Nicoletta Peyran en 1989, rencontrée sur le plateau de Un thé au Sahara, où elle était alors seconde assistante du réalisateur Bernardo Bertolucci.
Il s'est établi avec sa famille en France, à Bonnieux dans le Vaucluse pendant 9 ans, et habite près de Boston (à Cambridge) depuis le début des années 2000. Il parle très bien le français avec un léger accent américain, c'est pour cela qu'il n'assure jamais son propre doublage; habituellement c'est Edgar Givry qui lui prête sa voix pour les doublages effectuées en France.
Il se décrit comme libertarien. L'acteur William Hootkins, qui a travaillé avec Malkovich sur le téléfilm de la BBC Rocket to the Moon, a dit : « Il est si à droite que vous vous demandez s'il ne plaisante pas ». Selon certaines de ses déclarations au Chicago Tribune, il soutiendrait la peine de mort, mais d'autres propos paraissent plus nuancés.
Il a perdu plusieurs millions avec le scandale de la chaîne de Ponzi (?)de Bernard Madoff, lors de sa banqueroute en 2008.