John Malkovich : Clown dans OMBRES ET BROUILLARDS de Woody Allen

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Le rôle qui le révèle est sans doute celui du célèbre Valmont dans Les Liaisons dangereuses, un film réalisé par Stephen Frears où John Malkovich joue aux côtés de Glenn Close, Michelle Pfeiffer et la jeune Uma Thurman.

Par la suite, Malkovich participa avec son ami Gary Sinise à l'adaptation de l'œuvre de John Steinbeck, Des souris et des hommes. En 1994, il fut nommé à un autre Oscar dans la même catégorie pour son rôle de Mitch Leary dans le film de Wolfgang Petersen, Dans la ligne de mire. En 1999, il participa au projet de Charlie Kaufman, Dans la peau de John Malkovich, réalisé par Spike Jonze, où il interprète différentes versions de lui-même. Kaufman l'invite sur son film suivant, Adaptation, également réalisé par Jonze, où Malkovich fait un caméo. The Dancer Upstairs marque les débuts de John Malkovich derrière la caméra en 2002.

Il a tourné depuis les années 2000 dans de nombreux films, couvrant un large panel des genres cinématographiques : les adaptations télévisées des Misérables (2000) et de la vie de Napoléon (2002), la comédie avec Johnny English (2003), H2G2 : le Guide du voyageur galactique (2005) et Burn After Reading (2008), les biopics avec Appelez-moi Kubrick (2005) et Klimt (2006), le fantasy avec Eragon (2006) et La Légende de Beowulf (2007) ou le drame avec L'Échange (2008) et Disgrâce (2009). Il a également été producteur de plusieurs film, dont le film de Jason Reitman, Juno, sorti en 2008.

Malkovich se tourne vers la mise en scène en 2008, et reçoit le Molière du metteur en scène pour Good Canary.Il a été nommé parmi les 12 acteurs les plus prometteurs de 1984 par John Willis pour son rôle dans La Déchirure et 70e des 100 stars les plus sexy de l'histoire du cinéma en 1995 par le magazine britannique Empire.(bande de connards!!)