Années 2000

Après une pause de trois ans, Jodie Foster a joué et produit The Dangerous Lives of Altar Boys de Peter Care. Le film narre l'histoire d'un groupe d'étudiants dans une école catholique et suit le parcours des jeunes garçons, qui traduisent par le biais d'une bande dessinée satyrique leur vision de leur entourage.

L’actrice y a interprété une nonne, Sœur Assumpta, qui découvre un jour le cahier dans lequel ils cachent tous leurs dessins (dont certains la mettent en scène...), et les punit en conséquence. Ils imaginent alors un plan pour se venger, mais il tourne mal. Sorti en 2002, le film n’attire pas le public. Avec pourtant un budget de 12 millions de dollars, le film en remporte pratiquement 2 millions.

 Un long dimanche de fiançailles

En 2004, Jodie Foster tourne en France Un long dimanche de fiançailles de Jean-Pierre Jeunet. Avant d’être choisie, l’actrice avait déjà exprimé son désir de travailler avec le réalisateur du Fabuleux Destin d'Amélie Poulain.  Jodie Foster y interprète un second rôle, aux côtés d’Audrey Tautou alias Mathilde, une jeune femme enquêtant sur la disparition de son fiancé (Gaspard Ulliel) pendant la Première Guerre mondiale.

Lors de la promotion de son film suivant, Flight Plan, elle déclare : « J'ai adoré ce film. Pour moi, jouer dans ce film, c'était un régal, comme un dessert ! J'avais rencontré Jean-Pierre Jeunet pour lui dire, tout simplement, que j'avais envie de jouer dans l'un de ses films : "Peu importe le personnage, si vous faites un film, vous m'appelez, et s'il y a un personnage pour moi, j'adorerais le faire !"C'était génial de faire partie de ce tournage, de voir comment Jean-Pierre Jeunet travaillait, comment il voyait les choses derrière la caméra. C'est vraiment un visionnaire. Et puis il est sympa, aussi ! (rires) C'est génial de travailler avec quelqu'un de sympa ! »

Malgré un bilan en demi-teinte, Jodie Foster est honorée par une sixième nomination pour le Golden Globe de la meilleure actrice dans un film dramatique, remporté par Julie Christie pour Loin d'elle.