Jada Pinket Smith et  Lawrence Fishburn

L'histoire est assez fouillée et contient des concepts étrangers aux spectateurs peu familiers à la littérature cyberpunk.Les machines (ordinateurs, robots) dominent le monde. Les humains sont utilisés comme source d'énergie pour les machines, et sont maintenus immobiles dans des sortes de sarcophages, mais pour permettre à leur corps de vivre, leur esprit est stimulé : ils sont connectés à un vaste réseau informatique, la Matrice, qui simule une « vie normale ».

Les machines et ordinateurs sont eux-mêmes reliés entre eux au sein d'un réseau distinct ; pour des raisons de « maintenance », il existe des points de connexion entre les deux réseaux, qui permettent aux machines de paramétrer la Matrice, d'en modifier la programmation, d'y introduire de nouveaux programmes.Les programmes (logiciels) du réseau des machines sont eux-mêmes des entités conscientes. Du fait des règles de la société des machines, certains logiciels, considérés comme inutiles, sont condamnés à être détruits.

Pour éviter cette fin, certains « s'enfuient » et se réfugient dans la Matrice (ils passent du réseau des machines au réseau des humains) de manière clandestine.C'est le cas de Sati, la petite fille de la famille indienne (la fin du film nous apprend que c'est un logiciel graphique puisqu'elle « dessine » une aurore pour Néo) ; le point de passage est symbolisé par un métro, contrôlé par un programme corrompu nommé l'Homme du Train.Une des opérations de maintenance de la Matrice consiste à la réinitialiser et à recharger complètement les programmes : c'est le reload, thème central du film