Le film est composé de deux histoires : d'un côté l'histoire de Jesse, petit Américain supposé être la réincarnation d'un grand lama, et de l'autre, l'histoire du prince Siddhartha qui deviendra le futur bouddha. Little Buddha est dédié à la mémoire du coproducteur du film et entrepreneur en BTP Francis Bouygues mort peu de temps avant la sortie du film.