L’équipe s’établit dans le nord de la Pologne, dans les lacs de la Mazurie. Pour filmer le petit voilier, une plate-forme flottante est installée sur l’eau, accompagnée non loin d’un bateau destiné aux électriciens et de plusieurs autres bateaux pour le remorquage et le transport. C’est sans compter sur les caprices du soleil et du vent obligeant souvent l’équipe à refaire intégralement certaines scènes. Mais c’est probablement l’actrice qui aura causé les plus vifs tourments sur le tournage car, outre son problème de poids de plus en plus préoccupant, sa mollesse et son inexpressivité exaspèrent l’ensemble de l’équipe. Ils tentent d’abord la douceur pour stimuler chez elle des réactions, mais sans résultat. Dans la scène où elle est supposée être surprise du retour de l’auto-stoppeur (alors qu’on le croyait noyé), le seul moyen pour l’équipe de la faire sursauter fut de tirer un coup de pistolet à fusée.

 

Le tournage du COUTEAU DANS L'EAU est aussi marqué par la mort d’Andrzej Munk (un des professeurs et mentors de Polanski) et l’emprisonnement de Polanski qui s’en suivit. Alors que Kuba Goldberg pleure la mort de Munk dans les toilettes, un policier entre et demande explication. « Kuba parvint à articuler d’une voix brouillée : « Foutez le camp et foutez-nous la paix. » Le flic l’arrêta sur le champ pour « outrage à un représentant de l’Etat ». Je voulus intervenir et ne parvins jamais qu’à me faire arrêter à mon tour Nous  passâmes la nuit dans des cellules séparées. » (A, p. 241).

 

Avec cette série de contrariétés, le tournage prend du retard. Et, pour ne rien arranger, la femme de Roman, Barbara (alors en tournage en Italie), évoque leur séparation. Il boucle néanmoins le tournage des scènes d’extérieur et, sur la route du retour, subit avec ses amis un grave accident de voiture. Polanski est blessé au crâne et tombe dans un coma de plusieurs jours à l’hôpital.

Deux semaines plus tard, il quitte l’hôpital contre l’avis général et tourne les scènes d’intérieur du film à Varsovie et envoie ses négatifs des Mammifères et du COUTEAU DANS L'EAU au développement. Mais un problème de taille finit de tourmenter Polanski : le son du COUTEAU DANS L'EAU est inutilisable. Polanski, mécontent de la voix de son actrice la fait doubler par une actrice professionnelle (qui par ailleurs trouve le film épouvantable) et double lui-même la voix de l’auto-stoppeur.