Dans la France du XVIIIe siècle, naquit en 1738, Jean Baptiste Grenouille. Élevé dans un orphelinat jusqu'à l'âge de treize ans, peu sociable et fruste, Grenouille n'a pas d'autre passion que celle des odeurs, et chaque seconde de sa vie est guidée par ce sens surdéveloppé. Survivant misérablement, il parvient à se faire embaucher comme apprenti chez Giuseppe Baldini, un maître parfumeur de la capitale qui profite ainsi de son don exceptionnel pour créer de nouvelles fragrances. Il découvre alors les techniques et les secrets de la fabrication des parfums. Son don lui permet de composer quelques chefs-d'œuvre olfactifs, mais son unique obsession demeure l'odeur naturelle évanescente des jeunes femmes qui croisent sa route. Pour mettre en bouteille ce parfum envoûtant et en faire son ultime chef-d'œuvre, il s'engagera sur une voie impensable...